Apprendre à travailler de manière ouverte et collaborative est de plus en plus important [pour ne pas dire nécessaire] en recherche. De plus, l’analyse de données complexes que sont celles de bio-imagerie requiert des connaissances en biologie, en modèles statistiques et en programmation. Ainsi, adopter de bonnes méthodes de recherche tôt dans la formation scientifique est gage de succès. L’école BrainHack Montréal a été fondée sur ces principes par des « neuro-enthousiastes ». Pr. Pierre Bellec, directeur de l’école BrainHack, résume le « brainhacking » ainsi :
« Brainhack fait référence à l’esprit de la communauté de hackers à l’origine des logiciels libre d’accès : une collaboration conviviale et ingénieuse, mais, dans ce cas ci, appliquée au cerveau. BrainHack est aussi le nom d’une série d’ateliers de 3 jours initié par Cameron Craddock, au cours desquels des équipes multidisciplinaires se rencontrent et se forment afin de collaborer sur différents projets. Au fil des années, l’immense potentiel de cette formule en tant que formation pour les nouveaux scientifiques est devenu clair. L’école BrainHack est une extension de la formule « brainhack » en une formation de quatre semaines centrée autour d’un mode d’apprentissage par projet.»
Durant quatre semaines, les participants ont eu la chance d’apprendre à utiliser les plus récents outils/logiciel libre d’accès et de les appliquer au projet de leur choix. Travailler en collaboration les uns avec les autres et mettre en pratique immédiatement les nouvelles connaissances est la meilleure façon d’apprendre et c’est de cette manière que l’école BrainHack a été pensée. Pour les étudiants aux cycles supérieurs, l’école est reconnue comme un cours de trois crédits, mais cette école d’été est loin de ressembler à un cours typique. Chaque semaine est organisée par une institution différente à Montréal et se concentre autour d’un thème précis avec un expert invité. Ainsi, les étudiants ont la chance de visiter les universités principales de part et d’autre du mont Royal et d’apprécier divers styles d’enseignement, tout en faisant progresser leur projet.
Au total, 25 étudiants et étudiantes de sept affiliations différentes ont participé à la deuxième édition de l’école BrainHack du 5 au 30 août 2019. La plupart venait d’universités montréalaises, mais aussi de l’Université de Toronto, de l’Ontario Institute of Technology. Il y a même un étudiant du CÉGEP qui a joint le groupe! Conçue comme un camp intensif (bootcamp) en science de données, la première semaine se déroulait à l’Université McGill et elle était dédiée à l’apprentissage des outils, logiciels et données liés à la science ouverte et d’apprentissage machine (machine learning). Les étudiants et les étudiantes ont été introduits à des outils qui permettront une plus grande reproductibilité et rendront leur projet ouvert à la communauté. À la fin de cette première semaine, chacun était en mesure de choisir quels outils et techniques ils souhaitaient approfondir dans le cadre de leur propre projet. Ceux pour qui les principes et outils de science ouverte étaient plus nouveaux ressentaient le sentiment général décrit dans le tweet d’un des participants: . Le but de cette semaine n’était pas de devenir expert avec tous les outils présentés, mais bien d’être au courant de leur existence et avoir des connaissances de base; ce qui a été réussi selon ce même témoignage.
Lors de la deuxième semaine, les étudiants se sont déplacés de l’autre côté de la montagne à l’Université de Montréal dans le but de définir leur projet et les compétences qu’ils souhaitaient consolider. La variété des projets fut impressionnante: enregistrements de mouvements de la pupille, électrophysiologie chez le rat et neuroimagerie dans diverses populations cliniques, une panoplie de données de bio-imagerie ont été analysés au fil des semaines. La collaboration était au centre la semaine 2, puisque chacun devait commenter sur le travail des autres participants. Le bien-être des participants a aussi été pris en considération durant la semaine comme en témoigne le tweet suivant.
La communication scientifique était aussi une composante importante de la formation BrainHack. À la Polytechnique, la semaine 3 était dédiée à la visualisation et la communication en lien avec le projet respectif de chacun. En tant que scientifique, il est important d’aller au-delà des pratiques de science ouverte pour rendre la recherche accessible. Être capable de vulgariser son projet de recherche au grand public est un aspect crucial afin de rendre nos travaux plus accessibles. Ainsi, les participants ont été outillés afin de créer des graphiques interactifs et des vidéos. À la fin de la semaine, ils devaient produire une infographie ou capsule vidéo pour expliquer leur projet de manière claire et engageante. Ils ont maintenant le bagage nécessaire pour continuer à faire de même dans le futur.
La dernière semaine s’est déroulée à l’Université Concordia durant laquelle les participants ont présentés les avancements de leur projet en petit groupe tout en donnant de la rétroaction sur celui des autres. Cette rétroaction les aidait à planifier leur rapport final qui était à remettre le 6 septembre pour obtenir les crédits universitaires. L’école BrainHack s’est conclue par un BBQ bien mérité au lac des Castors au sommet du mont Royal. À savoir quel est le point fort de cette deuxième édition de cette école d’été, Pr. Bellec n’arrivait pas en choisir un seul. Selon lui, au coeur de la réussite de l’évènement se trouvaient certainement la chimie et l’entraide impressionnantes entre les instructeurs locaux et internationaux (tous nommés ici) et les étudiants.
Anne Monnier, une étudiante à la maîtrise en neurosciences à l’Université de Montréal, n’avait que de commentaires positifs à propos de son expérience. Elle s’était inscrite dans le but de développer des analyses pour son projet d’électroencéphalographie et elle en ressort avec beaucoup plus qu’elle aurait imaginé, nous racontait-elle. Le format de l’école, la communauté accueillante ainsi que les valeurs communiquées étaient ce qu’il lui fallait pour s’initier aux pratiques de science ouverte et avancer son projet! Elle était aussi heureuse d’en avoir appris plus sur les superordinateurs qui sont accessibles gratuitement aux chercheurs grâce à Calcul Québec et Compute Canada.
« La principale amélioration cette année fut l’ajout d’une semaine de “bootcamp” au début de l’école d’été, organisée par JB Poline avec l’aide de Jake Vogel, Elizabeth DuPre et plusieurs autres bénévoles. Les étudiants ont été exposés aux principaux outils de neuroimagerie et d’intelligence artificielle, et ont donc été en mesure de choisir facilement lesquels ils voulaient utiliser dans le cadre de leur propre projet. »
Les retours des participants et instructeurs ont aussi été très positifs. Ces derniers auraient tous souhaité que ce genre de cours soit disponible au début de leur formation de maîtrise ou doctorat, et les premiers, en seulement quatre semaines, ont eu un aperçu très complet des outils, ressources et communauté de la science ouverte pour poursuivre leur formation. Des initiatives innovantes telles que l’école BrainHack contribuent à la vitalité de la communauté de bioimagerie au Québec, qui, par chance, continuera dans les années à venir. D’ailleurs, Pr. Bellec a déjà hâte à l’édition 2020 :
« L’organisation de ces deux années pilotes se terminait souvent un peu à la dernière minute, mais cela va changer maintenant que la formule est bien installée. Nous avons aussi eu le soutien de UNIQUE, un réseau québécois de neurosciences et intelligence artificielle financé avec le FRQNT et la Plateforme Canadienne de Neuroscience Ouverte (PCNO). On peut s’attendre à ce que la composante IA de l’école soit renforcée l’an prochain, ainsi que la partie neurosciences pour attirer davantage d’étudiants d’informatique et ingénierie. On espère que McGill et la Polytechnique acceptent de créditer l’école l’an prochain et de trouver de nouveaux partenaires. »
Merci à l’ UNF, le CRIUGM, les Plateforme Canadienne de Neuroscience Ouverte et UNIQUE de rendre cette initiative possible!
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Samuel Guay is a PhD student in Cognitive Neuroscience at the Université de Montréal. He investigates the long-term effects of sport-related concussions in young and old athletes using a variety of neuroimaging techniques. He contributes to this blog because he thinks disseminating science by means other than peer-reviewed papers makes it more accessible, and as an open science enthusiast, He thinks we can do better as a community!
Alexa a fait son doctorat à l'Unversité McGill sous la supervision du Professeure Sylvia Villeneuve. Elle poursuit actuellement ses recherches en neuroimagerie sur la maladie d'Alzheimer comme postdoctorante à Lund University en Suède, et espère un jour avoir son propre laboratoire au Québec!
